Как определить размер и сроки пеней по 223-ФЗ
Заказчик вправе потребовать уплатить пени за просрочку по 223 ФЗ (это гарантирует ст. 330 ГК РФ). Сам Федеральный закон № 223, как и ГК РФ, не содержит алгоритма расчета штрафов. В Гражданском кодексе присутствуют только общие положения, касающиеся неустойки. Подробнее: «Ответственность за нарушение 223-ФЗ о закупках».
О сроках, в которые должна начисляться плата за просрочку исполнения договора, говорится в п. 65 постановления пленума ВС РФ № 7 от 24.03.2016. Этот пункт гласит, что последним днем просрочки является дата фактической поставки. В письме Минфина № 24-03-07/22888 от 24.03.2020 делается уточнение о том, что время, потраченное заказчиком на приемку, не должно включаться в срок задержки исполнения контракта.
Как выбрать формулу для начислений
Рекомендаций, которые бы содержали методику начисления пеней для учреждений, реализующих закупку по закону 223, специально не утверждено. Следует руководствоваться правилами для госзаказчиков, работающих по закону 44-ФЗ, — это ПП № 1042 от 30.08.2017. В документе приведены правила для вычисления штрафов и пеней. Первые начисляются за каждое из нарушений, а вторые — за нарушение сроков.
Если в контракте нет пункта, предусматривающего начисление неустойки и поясняющего способ ее расчета, то и основание для ее взыскания у госзаказчика отсутствует. В такой ситуации речь идет о возмещении убытков (ст. 393 ГК). Правило применимо и по отношению к алгоритму расчета. Методика определения сумм неустойки, согласно ПП № 1042 от 30.08.2017, действует для закупщиков по 223-ФЗ тогда, когда ее основные положения прописаны в договоре. По умолчанию это ПП распространяется лишь на госзаказчиков по Федеральному закону № 44 (так говорится в определении ВС РФ № 305-ЭС 19-8124 от 29.08.2019).
Алгоритм, основания и формула для расчета пени по 223-ФЗ указываются в разделе договора «Ответственность сторон». К примеру:

Пропишите правильно положения о неустойке в договоре, чтобы подстраховаться. Используйте готовую инструкцию от КонсультантПлюс.

Чтобы прочитать, понадобится доступ в систему: ПОЛУЧИТЬ.
Как вычислить пени: практические примеры
Приведем примеры вычислений:
1. Наиболее часто за основу берется ключевая ставка ЦБ.
Величина взыскания вычисляется по формуле:

Пример:
Ставка ЦБ на момент расчета — 4,25%.
Цена госконтракта — 52 700 500,00 руб.
Исполнено фактически — 41 520 400,62 руб.
Дней задержки — 25.
Итог: 1/300 × 0,0425 × (52 700 500,00 − 41 520 400,62) × 25 = 39 596,19.
С нарушителя взыщут неустойку в размере 39 596,19 руб.
2. Бывает, что неустойка рассчитывается как фиксированная величина, умноженная на количество дней просрочки:

Пример: П = 3 × 800.
Надо оплатить: 2400 руб.
3. Иногда основой для расчета выступает годовая процентная ставка, прописанная в госконтракте:

4. Когда расчет делают на основании процентной ставки за день, применяют формулу:

В этом случае нарушителю придется платить штраф за каждое нарушение.
Пример: П = 3 × 2000.
Допустим, произошло 3 нарушения, а в договоре прописано, кто каждое из них обходится исполнителю в 2000 руб., итоговая сумма к уплате — 6000 руб.